Algunas de las especies de vegetación presentes son:

Árboles: algarrobos, talas, chañares, espinillos, jarillas
Aromáticas: poleo, usillo, peperina
Palmeras: caranday (palmar protegido por ley provincial)

La fauna es tan variada como la vegetación.
Las especies más notables son:

Mamíferos: mara o liebre patagónica, liebre europea, coipo o
nutria de rio, vizcachas, pecarí o cerdo salvaje, puma, mulita o quirquincho, y la simpática sachacabra, un pequeño venado de monte que se ha convertido en emblema de la región.

Peces: carpas y truchas
Reptiles: distintos tipos de iguánidos, siendo el más llamativo el tupinambis o iguana criolla.

Aves: tero, hornero, lechuza de las vizacacheras, naranjero, zorzal chihuanco, atajacaminos, picohueso, cotorra serrana, aguilucho, chimango, halcón.

Estanzuela es un paraíso para los amantes de las aves o birdwatchers. La lista preliminar de aves residentes supera el centenar de especies.